Η Σαμοθράκη κατοικούταν από προ-ελληνικά φύλα, κυρίως τους Κάρες στους οποίους οφείλεται μάλλον και το όνομα της Σαμοθράκης και τους Θράκες οι οποίοι εισήγαγαν τη λατρεία των Μεγάλων Θεών, καθώς επίσης και την επίσημη τελετουργική γλώσσα που χρησιμοποιούνταν κατά τη διάρκεια του μυστηρίου στο Ιερό.
Από τον 7ο αιώνα π.Χ. αρχίζει η συστηματική της αποίκιση από την Μικρά Ασία. Από το 508 π.Χ. η Σαμοθράκη βρισκόταν υπό την κυριαρχία των Περσών, οπότε με τους Περσικούς πολέμους και την ήττα των τελευταίων στη ναυμαχία της Σαλαμίνας, εντάσσεται στην Ά Αθηναϊκή Συμμαχία.
Στους αιώνες που ακολουθούν η Σαμοθράκη μετατρέπεται σε θρησκευτικό κέντρο, του οποίου η αίγλη απογειώνεται με το βασίλειο των Μακεδόνων από το 340 π.Χ. Εκεί πιστεύεται ότι ο βασιλιάς Φίλιππος Β΄ γνώρισε κατά τη διάρκεια των Καβειρίων Μυστηρίων την Ολυμπιάδα, την μητέρα του Μεγάλου Αλέξανδρου. Τα καβείρα Μυστήρια σε αντίθεση με άλλες θρησκευτικές μυστηριακές γιορτές ήταν ανοιχτά σε όλους τους πιστούς ανεξαρτήτως κοινωνικής τάξης.
Από το 164 π.Χ οπότε και η Σαμοθράκη περνάει στην κατοχή των Ρωμαίων μετατρέπεται σε διεθνές λατρευτικό Ιερό με πλήθος ανώτατων αξιωματούχων, αλλά και απλών πολιτών να συρρέει εκεί προκειμένου να μυηθούν στην λατρεία των Μεγάλων Θεών και να εξασφαλίσουν την εύνοια τους.
Κατά τη διάρκεια της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας, το νησί χάνει την προνομιακή θέση που κατείχε και γίνεται κυρίως τόπος εξορίας των αντιπάλων των βυζαντινών αυτοκρατόρων.
Το 1204 η Σαμοθράκη κατακτείται από τους Ενετούς και τους Γενουάτες. Το 1457 οι Οθωμανοί κατακτούν το νησί μέχρι και το 1912 οπότε και ενώνεται η Σαμοθράκη με την υπόλοιπη Ελλάδα.
